Darwin sugirió que la evolución biológica se puede representar utilizando la metáfora de un árbol. En dicho árbol, las hojas representan a las especies actuales y las relaciones de ancestría y descendencia se muestran en el patrón de ramificación del árbol.
El objeto de estudio son las relaciones filogenéticas entre distintas entidades biológicas pueden ser especies, poblaciones, genes, genomas o alguna otra, algunas veces se les denomina como OTU son secuencias a la disciplina de la evolución molecular, pretende además comprender el proceso evolutivo que conecta filogenéticamente a los distintos OTUs.
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