Darwin sugirió que la evolución biológica se puede representar utilizando la metáfora de un árbol. En dicho árbol, las hojas representan a las especies actuales y las relaciones de ancestría y descendencia (es decir, las relaciones filogenéticas) se muestran en el patrón de ramificación del árbol.
El objeto de estudio de la inferencia filogenética son precisamente las relaciones filogenéticas entre distintas entidades biológicas. Como las entidades biológicas pueden ser especies, poblaciones, genes, genomas o alguna otra, algunas veces se les denomina como OTU (del ingles Operational Taxonomic Unit). Si los OTUs corresponden a secuencias (ya sea de DNA o proteínas), la disciplina de la evolución molecular, pretende además comprender el proceso evolutivo que conecta filogenéticamente a los distintos OTUs.
Evolución Ontogénica
Comprende el estudio del crecimiento y desarrollo individual (como parte de la intravariación) y sus diferencias poblacionales.
La ontogenia (también llamada morfogénesis u ontogénesis) describe el desarrollo de un organismo, desde el óvulo fertilizado hasta su senescencia, pasando por la forma adulta. La ontogenia es estudiada por la biología del desarrollo. "La ontogenia es la historia del cambio estructural de una unidad sin que ésta pierda su organización. Este continuo cambio estructural se da en la unidad, en cada momento, o como un cambio desencadenado por interacciones provenientes del medio donde se encuentre o como resultado de su dinámica interna".
El desarrollo animal u ontogenia cumple dos funciones principales:
- Genera diversidad celular (diferenciación) a partir del huevo fecundado (cigoto) y organiza los diversos tipos celulares en tejidos y órganos (morfogénesis y crecimiento).
- Asegura la continuidad de la vida de una generación a la siguiente (reproducción).
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